Niet het filter, maar de filtermaterialen bepalen de kwaliteit van de filtratie. Mechanisch filtermateriaal houdt het vuil tegen, maar kan geen afvalstoffen afbreken. Biologische filtermaterialen zetten de afvalstoffen wel om, maar houden het vuil niet tegen. Daarom is een combinatie doorgaans het beste. Bijvoorbeeld als volgt:
– Actieve vijverkool, dat geur- en kleurstoffen absorbeert;
– Dragermateriaal voor de aanhechting van micro-organismen, zoals nitraat- of ammonium filtermedium.